Pada Tahun 1924 didirikan Rumah Sakit Umum di Kota Parepare yang saat itu masih terletak di Jalan Ganggawa. Ada 2 orang Dokter Berkebangsaan Asing yang bertugas saat itu yaitu dr. Debats dari Belanda dan dr. Maanidari Pakistan.

Rumah Sakit Umum berpindah lokasi dari Jalan Ganggawa ke Jalan Nurussamawati No. 9 dan juga berubah nama menjadi Rumah Sakit Umum Daerah Andi Makkasau, Yang diambil dari nama Pahlawan dari Kota Parepare. Dibangun dengan bantuan dari Bank Dunia.

Rumah Sakit Tipe Kelas C yang secara teknis administrasi maupun secara teknis operasional bertanggung jawab kepada Walikota Parepare melalui Sekretaris Daerah Kota Parepare, serta merupakan rumah sakit rujukan dari beberapa kabupaten/kota di sekitarnya, utamanya dari kabupaten/kota di bagian utara Propinsi Sulawesi Selatan dan kabupaten/kota di Propinsi Sulawesi Barat.

Pada tanggal 10 Januari 2005, Rumah Sakit Umum Daerah Andi Makkasau Kota Parepare telah berhasil memperoleh sertifikat akreditasi penuh tingkat dasar oleh Tim Komite Akreditasi Rumah Sakit untuk 5 jenis pelayanan, antara lain: pelayanan administrasi, pelayanan medis, pelayanan gawat darurat, pelayanan keperawatan dan pelayanan rekam medis.

Pada tanggal 9 Februari 2007,RSUD Andi Makkasau Kota Parepare berhasil memperoleh sertifikat akreditasi penuh tingkat lanjutan oleh Tim Komite Akreditasi Rumah Sakit untuk 12 jenis pelayanan, antara lain: pelayanan administrasi, pelayanan medis, gawat darurat, keperawatan, rekam medis, bedah sentral, pelayanan perinatal, laboratorium, radiologi, farmasi, pelayanan gizi, serta kesehatan dan keselamatan kerja.

Dalam perkembangannya lebih lanjut, RSUD Andi  Makkasau Kota Parepare sebagai salah satu rumah sakit rujukan di Propinsi Sulawesi Selatan, maka pada tanggal 7 Mei 2009, RSUD Andi Makkasau Kota Parepare dinaikkan statusnya menjadi Rumah Sakit Tipe B Non Pendidikan berdasarkan KeputusanMenteri Kesehatan Republik Indonesia dengan Nomor 343/Menkes/SK/V/2009.

Pada tanggal 3 November 2010, RSUD Andi Makkasau Kota Parepare menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan BLUD Tingkat Penuh berdasarkan Keputusan Walikota Nomor 475 Tahun 2010.

Renovasi Gedung Laboratorium, Kamar Bersalin, dan Radiologi

Membangun Gedung VIP yang baru.

Renovasi Bangsal Infeksius

Pembangunan gedung ICU, Renovasi Gedung IGD, Nusa Indah, Anggrek, Infeksius, Pos Satpam, Asrama Residen, Rumah Dinas Direktur, Rumah Dinas Dokter, dan Asrama/Diklat.

Renovasi Gedung IBS, Gedung OK KB dan ditunjuknya RSUD.Andi Makkasau sebagai Rumah Sakit resmi pemeriksaan kesehatan Calon Tenaga Kerja Indonesia.

Pembangunan Gedung Rawat Jalan dan gedung Administrasi / Kantor, Renovasi gedung Instalasi Gizi, Renovasi gedung Infeksius.

Pada tanggal 15 Mei 2017, RSUD Andi Makkasau Kota   Parepare berhasil memperoleh sertifikat akreditasi tingkat Madya dengan nomor. KARS-SERT/749/VI/2017 untuk 15 jenis pokja, antara lain: MKI, PPK, PMKP, MDGS, MFK, SKP, PP, PPI, AP, APK, HPK, MPO, KPS, PAB dan TKP.